剧情时间线
按游戏内时间排列的 Phigros 剧情：像素塔的历史来自官方林泊百科，收藏品讲述的故事放在游戏给出的日期上。
本页内容I 冰封世界
按收藏品给出的日期，各章本身的故事落在像素塔时间的哪一段。多数章节也会回顾更早的历史，那些内容放在各自的年份下。
I冰封世界
770/02/28–771/01/04
770年2月末，冰封巡逻队第七小队的Gino在萨里山遇到失忆的少女鸠；她加入第七小队、与Gino同住，在营地度过火锅、初雪和渔猎节，而就在前一夜，队长Dlyro问过Gino“我们的世界是真实的吗”。3月17日鸠看到天空中出现一座前一天还不存在的巨塔；3月22日起魇魉从深坑涌出，Theo和Carl牺牲，Dlyro率全队参加0327围剿，把两人留下并交给Gino一只锦囊。770年3月32日“巴别”：塔上落下白灰，黑洞从地平线升起吞没冰原，Dlyro被吸入前把土星登入权限留给Gino，两人沿受塔庇护的萨里山之路逃亡，走进光桥前往新世界。本章部分线索还提前写到管道迷宫、第三层的布兰达、异想Dlyro关于塔组织的情报，以及771年在土卫六重修的Trophon。
II废土之下
770/04/01–770/06/18
770年4月1日，鸠和Gino穿过光门来到石林，在垃圾山帮助拾荒者，在第八区搭起临时的家，修好Trophon并结识Kouma和久住。4月6日他们拜访第三区管理者Fuli，鸠用哥哥教过的办法修好了久住托修的收音机。4月7日两人去巢栖道站送收音机，跟着久住登上HQ004列车却找不到她，deathMark的诗笺则写下列车遭虚空怪物袭击、怪物眼中有幽蓝色的废墟；4月9日Fuli打开穿界之门离开。Fuli的楼层守护日志（410–672年）记录了石头人的演化、“立柱石人”的得名、久住469年来到石林，以及她答应Khalid市政府扮演调音天狗。林泊现实一侧则有鸠童年的生日收音机，以及Gino以警长身份勘验一位左姓女歌手遗体的记录。
III幽蓝边界
53/04/07–770/04/07
770年4月7日列车遇袭当天，deathMark一连写下五首诗笺；据Phigros词条，本章鸠和Gino卷入幽蓝国，在历史长河中找到了过去的数据，也就是“战士”六篇。53年，“她”教“我”驾驭梦魇马，“我”在幻象中看到倒悬的巨塔；57年两人用融通跃过悬崖，她遥望建造中的塔基，说人们以后也会放弃塔中的世界，随即消失；59年塔计划启动后的首次剧场审判中，“我”被割舌定罪。60年“我”跪在雪原上将死，次日塔主体飞离地表，异想之物涌入塔离开后的深坑。740年在港湾，一位被称为总队长的人决定作为志愿者回到冰封层，并保证不会再有一场牛肚谷战役。
IV管道迷宫
770/05/21–770/06/04
被幽蓝边界吞没后，鸠与Gino失散：鸠在“里表舞厅”借一台街机重遇儿时的Kuzumi，走向幽蓝国；Gino在迷猫的小镇听老媪说起“不存在的空房间”。两人在“79”中心的市民大厅会合，穿过管道迷宫的街机厅，找到空房间，遇见被困的素檀。770/06/04，Gino通关《彩虹之战》，鸠打碎素檀的锁链，三人从游戏厅走进霓虹。本章收集品还回溯了莲渡与隼在143–256年的往事、469年的同名街机、碎数研671–672年对幽蓝国的观察，另有几条（770/07/08–08/29）发生在第五章期间。
V霓虹灯牌
770/06/04–770/08/31
鸠与Gino住进莲渡的旅馆，隼委托Dlyro清除莲渡的最后一个分身，6月18日的追杀引发旅馆火灾。Gino调查鸢尾大学，久住带鸠见到垂死的尊师——她的哥哥隼；尊师随即失踪，鸠成了魔女会议的首领，而素檀把《彩虹之战》托付给莲渡。六道虹在8月初解散，布兰达与“七”寻找系统后门；8月29日起幽蓝边界吞没霓虹，8月31日鸠以尊师身份打开通道，霓虹在虹之战后首次放晴（虹再现）。收集品也记录了虹之战（242年起）、统治局接管（286）和尊师就任楼层守护（300）。
VI方舟蜃景
770/08/31–772/07/32
虹再现后，鸠在港湾醒来，重生引导员Igallta接待她，Gino的分数告示牌从000000跳到1000000，克劳尔就异想出逃询问“钻石姬探员”鸠。deathMark记录Igallta对“方舟Six”的入侵被阻止（林泊百科：770.08.32方舟蜃景，幽蓝边界到达港湾）。9月10日，鸠在港湾街头请久住帮忙补写楼层守护报告，布兰达也寄来感谢信。其余收集品是统治局职员豌豆与雪梨膏的喜剧支线：从632年起的旧事，到771年7月豌豆卧底碎数研所在的阿剌克涅、险些被鸠吃掉，再到772年7月底迎天狗前夜。
VII时钟链接
771/01/05–771/08/31
771年初，鸠名下的仿古飞船路星67-改交由Gino驾驶，它的前任主人是律动星的一位房产商，经“盗乐行”后转给了Fuli的社团。7月底，统治局特工豌豆卧底碎数研时滑入幽蓝，被打捞成破碎数据后辞职。8月20日，鸠被派去给在抗议声中照常举行的Align大赛监工，Gino陪同。8月31日，第93届ALIGN拉力赛在土星南极的时钟城开赛，赛道穿过幽蓝边界重叠区，鸠记下了巨大钟面和停驻其中的方舟一号。据百科，次日（771/08/32）幽蓝边界到达二代地表，时钟城（中之层）逃到了苍穹之上。
VIII凌日潮汐
772/07/31–772/08/02
日蚀节前夕的月面上，碎数研把一串用来对付TZB、延续像素塔的“替换数据”病毒交给特工豌豆，要他贴到烟花上。7月32日的庙会上，鸠与Gino度过最后一个节日，Gino说日食只持续八小时，再见面就是在现实里了。同一晚，豌豆误吞了烟花数据，被雪梨膏绑在烟花上一起发射。8月1日日食与幽蓝边界一同降临月面，碎数研广播“PhigrOS已崩溃，模拟结束”，弭儿在风暴洋的海滩上看着像素塔死去；8月2日，一个声音在越来越弱的基站信号里找到了鸠。
IX穹顶孤舟
773 A.P. – 2091/08/31
鸠与Gino在穹顶重逢后骑摩托Trophon巡视，Gino带着碎数研的替换数据去回收“病毒”，鸠则循着记忆追到雪中营地，二人在那里找到隼的笔记本，循着隼当年夜行的路走向研究基地废墟。黑洞爆发（幽蓝边界到达穹顶），二人分离，鸠坠入黑洞、穿过噪域、击碎信号之墙，在列车站台与隼诀别。2091年8月31日，鸠在现实中醒来，早报头条写着“地面探索队遭遇强震，致一死多伤”，她追着机械蝴蝶跑上新郑州街头，遇见了Gino。本章条目几乎都标为773.A.P.??.??，所以773年的beats按文本衔接排序（数组顺序即故事顺序），收藏品解锁标记只作旁证，与文本冲突时以文本为准。
S1忘忧宫
261/04/04–743/05/22
龙宫纪90年，克洛诺斯主持在巨塔水箱拉瓦钵建成倒悬的海底都市忘忧宫；271年洪水与大撤退中，他把自己分为五魂，把找到忘忧宫的方法封进虚妄之匣与真理之珠。743年，继承“智慧”的伯尼丝·伊塔卡断定忘忧宫仍在，表妹艾达（继承“承诺”）在前世遗物中找到虚妄之匣，把匣中诗贴到谜题保管所，引来自称门图·佩特曼的人。4月3日在黑港口奥德修斯港，克劳尔向伯尼丝证实忘忧宫外围是无实体的防护壁，艾达与萨芙救出门图，又用开门之法与艾尔帕克交易脱身。4月4日四人借匣与珠潜入忘忧宫，“欲望”艾尔帕克集齐魂魄反转能源通路，被伯尼丝击杀且无法重生；艾达与过去合为一体，送走伯尼丝，忘忧宫崩塌，奥德修斯港随之陨落。5月碎数研打捞残存记录，认为艾达已泯灭，但克洛诺斯或许会再次复活。
S2弭刻日
743/04/05–771/08/31
743年，统治局探员鸠（“钻石姬”）与克劳尔（“正义”）按方舟一号的航行日志来到虹之战古战场黄昏基地，在搁浅的巨轮里找到方舟领航员弭儿，并邀她加入统治局。770年的楼层守护群聊记下了这一年的经过：巴别那天谢鸣下线，下四层开始撤离，失忆的鸠身在霓虹，有人质问她是否放出了霓虹的异想，最后她在港湾重生。771年8月下旬，纳贝流士被土星系统拒之门外；方舟一号的发掘接近尾声，百科提出773只船桨和像素塔“773年寿命”之谜；同一时间，群聊改名“路星67大胜利”，成了Align车队的联络群。8月31日，旁观者留下四段旁白，本章以“未完待续”作结。
S3盗乐行
467/02/15–674/02/23
467年，观星家莫波利斯带着人偶隐居律动星，克劳尔受命监视他；他在月亮上的黑月疗养院里尝试用旋律化治疗阿忒弥斯的遗体。663年起，Khalid流传调音天狗的怪谈：失窃的物品七天后归还，循环旋律的缺陷被修好。670年市长借辩论放大流言，673年7月17日他让Fuli戴上量子同步终端“公演”天狗，天狗由此成形，在七天月食中把整个律动星化作沉默的旋律偷走。Fuli追着自己的二重身——调音天狗——上了月亮，用阿忒弥斯遗体剥离天狗的影响，7月24日律动星归还；她带走遗体和天狗，交给克劳尔辨认。此后碎数研借亚空间副本和残存物品调查盗乐行，研究员接连失踪，最终找回黑月疗养院日志。
S4无相乡
666/05/32
666年5月32日，克劳尔以“正义”探员身份到情报部提交无相乡调查报告。替班的是一个有球形关节的人偶，它说克劳尔一直在查“黑月”。人偶还转达了莫波利斯的话：他知道的不比克劳尔多，但线索出自疑难杂案报告夹的第六合集第六份。
外传极星卫
156/08/26–156/08/31
外传的两件塔内文件都在156 A.P.：署名Gino的《极星卫》剧本（156/08/26），以及莫比乌斯工作室给测试人员鸠的回信（156/08/31），批准她的创世光盘内测，并把亚空间《极星卫》录入她的PhigrOS。亚空间里的故事发生在二十一世纪太空热潮的一万年后：地球先遣队被抛弃在山茶花星球刻米莉亚，游星驾驶机甲巴萨雷乌斯来到这里成为统治者。载着意识样本的卫星开始坠落，吉诺的意识样本在刚猝死的研究员尤埃体内醒来，遇到心脏换成巴萨雷乌斯蒸汽引擎的出逃实验体鸠；在莲渡和外星熊猫伽竹桃的帮助下，鸠开走巴萨雷乌斯，把卫星推上更高的轨道，炸开了山茶花云。剧本停在游星在吉诺母亲的墓前用枪指着已转入无面人偶的吉诺，而鸠发现了那具人偶。
EX额外章节
220/02/01–771/12/23
额外章节由多个独立支线组成，没有单一主线。像素塔内：242–243年莫比乌斯工作室的Gino接待来自ROTAENO的荷珀、应付魔女会议的隼，隼又在航线上救下迷途的伊洛；220年鸠在CytusII亚空间遇见PAFF和NEKO，771年2月她与克劳尔调查CytusII的迁移事故；771年5月鸠和Gino受托进入Lanota；771年12月23日林泊百科编辑部与Kalpa、Rizline的客人一起看时钟城春晚、吃年夜饭。中之层收容所767年的报告记录了蒙面人回收白林花海里的食人女孩。林泊现实中则有2091年夏的“十七的宝藏”ARG、2092年NazoGame的挑战书、2092年愚人节的“烤全鸭”，以及2096年Para在废墟中与PhigrOS残影喝茶的观察记录。