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按游戏内时间排列的 Phigros 剧情：像素塔的历史来自官方林泊百科，收藏品讲述的故事放在游戏给出的日期上。
隼与尊师古卢 隼（Peregrinus）是先民政府的林泊管理处处长，也是魔女会议的首领。222 年他潜入 HAVEN，256 年在虹之战中背叛苏丹，成为先民统一政府领袖，286 年亲手解散政府交给统治局，300 年起看守异想监狱霓虹；异想「尊师古卢」以他为原型。收藏品揭示：垂死的尊师是鸠的哥哥隼，而按收藏品的英文文本，林泊现实里为鸠做出录音笔 Alpa 作为十岁生日礼物的哥哥也是 Peregrinus。鸠在霓虹顶替了尊师的身份，第九章在站台上与他告别。
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HAVEN群雄逐鹿之际，灯牌管理会收到魔女会议的回信，只有莲渡看好合作，得知对方首领是“隼”后更加坚定。在大树根系深处的据点，金瞳女高中生自称魔女会议的隼，对莲渡说“好久不见”，身后站着一个约十四五岁的粉发女孩。
有人对莲渡说，这里的人可以使用一种特别的力量，“不仅是异想的力量”，取决于人的本质；若无法掌握就会反噬，所以要先确认他心灵的深度。同日的蝶羽笔用游隼尾羽制成，只有蘸雨水才能书写。
隼宣布先民统一政府解体，统治局接管像素塔，不再评判公民的个人行为。中之层建成，定都时钟城，以克洛诺斯为名。
确立楼层守护制度与异想污染防治。异想监狱计划执行，大量异想移民涌入霓虹，隼担任霓虹楼层守护。
与魔女教对抗的组织六道虹在霓虹成立，试图让异想之物摆脱监狱的「洗脑」，以强硬手段拆除了黑衣区的大部分灯牌，间接导致霓虹长夜。久住是其成员。
一道彩虹引他们走到管道迷宫尽头。Gino几下就通关了素檀试过却失败的游戏；素檀腕上的锁链让他无法前行，鸠从售货机买来“管道迷宫纪念章”盖在锁链上，锁链应声碎裂。三人从游戏厅走进下雨、满是写着人名的灯牌的霓虹；素檀说下四层（冰封、石林、阿特拉斯、霓虹）各有楼层守护，霓虹的就是尊师，又说自己只是“过去的倒影”。
“骗子……”鸠在现实中的卧室醒来，被子上电子早报的头条是“地面探索队遭遇强震，致一死多伤”。机械蝴蝶飞出门去，她一路追到新郑州街头，蝴蝶不见了；一个熟悉的声音响起，是Gino：“这是你的蝴蝶吗？”
Gino回忆与隼同行的考察：隼名义上是他的搭档兼顾问，总在休息时用纸本写写画画，说里面的内容“只有鸽子看得懂”，还常独自进入建筑勘查。雪后的崖边，隼指着塌陷的建筑说，这里曾是寄存数以千计AI的研究基地，冰期后成了世界大战的陪葬品，是人摧毁了它；问到如今AI在哪，他没有说下去。隼失踪后，Gino没在他的遗物中找到这本笔记。
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HAVEN 进入三足鼎立时代。先民政府异想处理部林泊管理处处长隼主动请缨，声称握有苏丹的把柄，以间谍身份进入 HAVEN，很快爬到魔女会议高层并接触到苏丹。
先民间谍的活动打破了各组织的平衡，苏丹一家独大；政府发函要求 HAVEN 履行行政区义务，苏丹强调独立并单方面封锁了 HAVEN。
两页官方页面都把封锁写在 222 年那一段，没有单独的日期，且早于 240 年的港湾建造。一页粉丝沙盒也把霓虹封锁定在 222 年，并说阿卡夏学社的活动自此开始减少。
苏丹宣布 HAVEN 改名霓虹，先民统一政府称其为恐怖分子并发动进攻。魔女会议以迎潮灵突袭航道，阿特拉斯陷入战火。
霓虹的二把手、魔女会议的隼来到工作室要一件道具，Gino在日志里称她为先统的代行人、战争的煽动者、立场不明的两面派。隼说虹之战将持续到港湾彻底建成，Gino估计起码还要十年。Gino向荷珀解释林泊会随心象改变外貌，心像记忆金属一样总会回到起点；隼表示赞同，而她的起点是Gino数百年来未曾想透的秘密。
像素塔历243年1月20日，隼的行船记录仪记下：在距阿特拉斯层三千六百千里外的小天体psyche-327附近，异想处理部巡逻三队工务舰的自动发信员Alpa唤醒了偏航六百光年、来自阿古亚星的伊洛。隼私下打给莫比乌斯工作室的Gino，说亚空间ROTAENO越发不稳定，Gino发来“追踪防异弹”；隼装好修正装置送伊洛回航线。伊洛问起荷珀的下一站，隼说：“她会在终点等你。”
赤鸾泪故事中，鸢尾的凤泊日游行被魔女会议的人要求遣散，枪声响起，人群大乱；卜奉回到院落后关上了从未合闭的大门，安说梵娜、虹教高层的长辈和霓虹之外的族人都不会回来了。大门一闭便是五年。
页面另称虹之战期间隼纠集魔女会议策反大量虹教成员，卜奉被迫转入地下，与此事相符。
镜像之镜照出“镜面的镜面”，屡遭盗窃，却每十四天出现在附近的旧货店，现场只留下一根老鹰羽毛。两个未具名的人争论要不要把镜子交给“那家伙”、送到四层“我们一起设计的地方”；一方说克洛诺斯同意了，“他”能把自己当作支点，因为“他的名已经不在了”。
谜题保管所提问：如果一个人写下的事必然发生，他是预言家，还是操控因果的危险分子？碎数研的A和B疑惑为何总能捞到可考证的过去对话，B提出“猴子与打字机”或时空错位；另一段记录里，被众人嘲笑的“疯婆子”在找笔记本，本上写着“一个魔术师被骗了，他把自己变成了鸽子”。
赤鸾泪故事中，9 月 16 日方含仲逃回鸢尾报信：虹教和苏丹都败了，魔女会议与先统要斩草除根；次日新闻称卜奉聚集地大火，尚未发现幸存者。9 月 17 日拉瓦钵莫西尔干高原指挥部防线崩溃，总指挥良莠重伤，卫生员雀文救治无果；流陵水页面的故事里，雀文在残破的战场上幸存，醒来时已在押送战俘回霓虹的列车上。落日霁也称，卜奉可能在 256 年被先统政府清剿。
跨度 09/16–09/17，取最早日期；日期来自赤鸾泪的片段标题，以及流陵水故事的时间戳 256/09/17 16:34:15 与 22:08:40。赤鸾泪自己的历史把虹之战结束定在 09/23，晚一周；落日霁只给出年份 256。
隼在苏丹即将获胜时背叛，留下「胜利不属于任何人」的预言。苏丹落败被俘，与管道迷宫一起被丢进幽蓝国。霓虹回到政府控制之下，成为异想监狱，异想尊师古卢担任其守护者。
先民统一政府「换届」，隼成为实际领导者。
魔女会议的条目：港湾富阳物流的出货记录里有一台无人玩过的街机，同系列HDP2机型带有“奖赏时间”进度条。《彩虹之战》以素檀领导的灯牌管理会为视角，产于中宫纪，能完全模拟虹之战，因过于详细并带诱导性被统治局封禁，至今无人找到让灯牌管理会获胜的条件。线索二里，一女一男（男子系莲纹领带）在霓虹“宴会厅”试玩，男子说“我赢不了你，这是认定的结局”。
469年4月1日，新的人形异想久住乘新开通的石林—霓虹班次来到石林，住进拾荒者聚落。她要找哥哥却记不得哥哥的名字，只记得在巢栖道站分别，并始终认为自己生在石林，拾荒者也认为她从十日纪起就是他们的一员。日志作者查到霓虹有个同名的艺术家异想，像是古卢的手下，怀疑久住口中的哥哥是“我们的前统领”的过去；久住是五级异想，监护权在他手里。4月5日飞行种久住本体前来，异想污染被限制住，因对方不打算收回分身，日志作者给了她一拳。
隼把一张泛黄的莲渡照片交给Dlyro——第六个，也是最后一个。Dlyro说他们以前是朋友，隼答“和规则作对，他就该想到有这么一天”，又说“没几天了，他回来了”“他是自由的，我们不是”。
黑暗中众声指控布兰达给素檀通风报信，要回收他；也有人说“他把那位带回来了”，又说“尊师死了，在素檀之前”，需要新首领，但不能是素檀。布兰达的自述：他是车站仓库管理员，为迎接最后的客人延续了生命，喊着“找到那道彩虹！逃到更上层的世界！”“六道虹是错误，三会也是错误”。
Gino查阅林泊百科：尊师古卢是霓虹的楼层守护、魔女会议的领导者，统治局代号钻石姬，常在鸢尾大学任教；霓虹分鸢尾、透镜、黑衣三膜，每块霓虹灯牌代表一个居民的生命；魔女会议信仰彩虹，彩虹是离开霓虹前往上层、逃脱“回收”的象征。
Gino凭捡到的校卡进入鸢尾大学，发现社团导师名录几天前刚被替换了一部分；歌剧团原指导老师（副院长）据说老家有事请了长假，“他还会回来的”。
久住把鸠带到魔女会议总部，说是“回家”。一个下午后，久住说“尊师快死了”，带鸠来到急诊病床前：早上还很年轻、如今将要老死的老人，“你的哥哥隼”。鸠想不起两人的过去，久住说“他就是那段过去，你遗忘的过去”，又说自己“可以是任何人，唯独不是你”。
尊师被曝出失踪，魔女教内部大乱。
8月1日，鸠纠结要不要告诉吉诺自己其实就是楼层守护，说尊师那些事也不是她干的，打算等边界到达前最后一刻再告诉他；“度假勿扰”和克劳尔都觉得这一幕很眼熟。
新队长Dlyro加鸠为好友，说尊师失踪、谁也走不了，鸠转告久住的话：虹再现定在月底。莲渡联系鸠，鸠认出莲渡与素檀是同一个人；莲渡告诉Gino黑衣集体暴动是六道虹鼓动的，Gino说首领换成鸠后魔女会议整个停摆，新队长也放弃了任务。鸠用拉丁名找到哥哥的好友账号，竟是尊师古卢的号；同日久住来叫鸠回教坊。
长夜的恐惧在霓虹蔓延，下二膜被暂时抛弃。幽蓝边界三天内到达最上层鸢尾，吞噬了让霓虹阴雨连绵的异想要素：霓虹自虹之战以来五百多年，第一次迎来晴天。
楼层守护钻石姬的报告附件只留下她与疑似“莫比乌斯”者的对话：Gino看到鸠打开的通道，猜出她就是“尊师咕咕”；两人抬头看见彩虹，霓虹天晴了。林泊百科：幽蓝边界只用三天便到达最上层鸢尾，吞噬了导致霓虹阴雨连绵的异想要素，霓虹在虹之战后五百多年第一次迎来晴天。
幽蓝边界到达二代地表。不死心的林泊请来方舟领航员，通过替换老旧数据，把时钟城（中之层）拖离幽蓝边界，逃至苍穹之上。克劳尔想在开幕式上宣布取消 ALIGN 大赛，被刚卸任的尊师古卢阻止。
Gino攥着碎数研给他的替换数据走进草甸。他与碎数研合作的最后一步，是回收碎数研先前发射的替换数据，把这束“病毒”从寄主大脑里删除，抹掉组织的作案痕迹。被吸引来的杂音里有一束爆开，他读懂了其中的记忆：地震后的夜晚，研究所的人疏散到空地上，两名测试无线电的研究员谈论心灵像星星一样遥不可及、人脑链接会让剥削转向肉体，以及“只凭心灵的战争中，胜利不属于任何人”。
鸠坐在屋里满地的旧物间，怎么也想不起哥哥隼的过去。她曾在像素塔中用自己关于隼的记忆造出一个新的“隼”，如今他被污染得面目全非，成了一个独立的“人”，她已放弃维持他的存在。她看见远处的Gino和天边一栋建筑的残骸，那里关于隼的记忆格外清晰，于是骑上摩托追了过去。
Gino在积雪的帐篷营地的篝火旁找到鸠，她在营地里唯一的收获是隼的笔记本。她问哥哥是不是来过这里；Gino承认他们曾在此驻扎，隼趁着夜色独自去了远处的建筑，之后上面下令任何人不得靠近。鸠想去看看，Gino说陪她去。
鸠自问：她是在怨他吗，只因为那天本该出现在门后的身影由哥哥变成了他？可他待她那么好。她从几百年前起就试图从尚未觉醒的他那里找到点什么，甚至特意扮作“隼”去接触他，也不知道他想起这些后会怎么想。
天空尽头，幽蓝色吞没着这片临时构起的世界。列车靠站，隼走下车对鸠说她该走了：分离不过须臾，人们终会在那个叫现实的世界再相见，“鸠的故事才刚刚开始”。机械蝴蝶落在她手上，她想起自己再也见不到哥哥了；隼让她无论如何都要好好活下去，随后化作万千蝴蝶。