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按游戏内时间排列的 Phigros 剧情：像素塔的历史来自官方林泊百科，收藏品讲述的故事放在游戏给出的日期上。
久住 久住是立柱石人收养的飞行种异想小女孩，能以不同形态同时存在于石林、霓虹与中之层。469 年她坐着新开通的石林—霓虹列车来到石林，寻找一个想不起名字的哥哥，几十年来在巢栖道站等那班带走他的列车。第四章鸠在街机里遇见儿时的她，她叫鸠「哥哥」；第五章她是魔女教雇佣的画家、六道虹成员，带鸠去见垂死的尊师；第六章她在港湾帮鸠补写楼层守护报告。
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469年4月1日，新的人形异想久住乘新开通的石林—霓虹班次来到石林，住进拾荒者聚落。她要找哥哥却记不得哥哥的名字，只记得在巢栖道站分别，并始终认为自己生在石林，拾荒者也认为她从十日纪起就是他们的一员。日志作者查到霓虹有个同名的艺术家异想，像是古卢的手下，怀疑久住口中的哥哥是“我们的前统领”的过去；久住是五级异想，监护权在他手里。4月5日飞行种久住本体前来，异想污染被限制住，因对方不打算收回分身，日志作者给了她一拳。
Kouma在垃圾堆里捡到魔术棒，久住努力练习魔术想让大家笑起来。夜里Alpa溜出录音笔，被正在画画的久住抓个正着，她以Alpa为灵感写起黑猫历险的绘本；4月4日一份描绘会狗叫的小猫来到彩虹瀑布的绘本文件从Alpa身上掉了出来。日出时Kouma告诉鸠：当初久住和她哥哥离开后再没回来，“倒悬之后，石林就没几个活人了”。
几十年来，久住在每个日出日落时分都在巢栖道站等一班列车，等那个松开她的手、登上列车再未回头的人，想给他看自己画的绘本。两人见久住登上唯一驶经巢栖道的HQ004次列车，也买票跟上，却始终找不到她。deathMark的诗笺写道：列车在螺旋轨道上遭遇虚空中游荡的怪物，管道破裂、煤气外泄，“她见怪物的眼睛里，有着一个幽蓝色的废墟”。
鸠独自从幽蓝边界漂流到一个灰白的螺旋空间，与Gino失散；她撕开被抓破的皮球，空间随之摊开。她怀疑这里是2089年的某个虚拟游戏，在街机上输入思念的名字“Kuzumi”，“奖赏时间”后，小女孩Kuzumi叫她“哥哥”；鸠把收音机还给她，说“我在未来等你”，然后离开。
与魔女教对抗的组织六道虹在霓虹成立，试图让异想之物摆脱监狱的「洗脑」，以强硬手段拆除了黑衣区的大部分灯牌，间接导致霓虹长夜。久住是其成员。
Alpa几夜来逛遍了旅馆，正要从窗台出去探险时，鸠的phigrOS终端自动弹出红色警报“寻找出口”，鸠却睡得很沉。Alpa钻进终端叼出彩虹绘本，一口吞下，化身头纹王字的老虎，撞碎房门，驮着鸠冲出四散的火舌。
久住把鸠带到魔女会议总部，说是“回家”。一个下午后，久住说“尊师快死了”，带鸠来到急诊病床前：早上还很年轻、如今将要老死的老人，“你的哥哥隼”。鸠想不起两人的过去，久住说“他就是那段过去，你遗忘的过去”，又说自己“可以是任何人，唯独不是你”。
首领「终」得到幽蓝边界即将到达霓虹的消息，下令各引路人撤离，六道虹解散。
新队长Dlyro加鸠为好友，说尊师失踪、谁也走不了，鸠转告久住的话：虹再现定在月底。莲渡联系鸠，鸠认出莲渡与素檀是同一个人；莲渡告诉Gino黑衣集体暴动是六道虹鼓动的，Gino说首领换成鸠后魔女会议整个停摆，新队长也放弃了任务。鸠用拉丁名找到哥哥的好友账号，竟是尊师古卢的号；同日久住来叫鸠回教坊。
长夜的恐惧在霓虹蔓延，下二膜被暂时抛弃。幽蓝边界三天内到达最上层鸢尾，吞噬了让霓虹阴雨连绵的异想要素：霓虹自虹之战以来五百多年，第一次迎来晴天。
久住在“七”的据点找到最后一人布兰达：系统后门找到了，却没找到“出口”。她把一样东西丢进近在咫尺的幽蓝巨洞，揪着布兰达徒步逃离，因为门牌已经失效；城市上空百年不歇的雨云已悄然消失。同日的破译里，“她”魔法衰弱、找不到出路，认为只有拥有“守护”权力的那位才能破局。
在阳光正盛的港湾无名街道上，鸠找到正在写生的久住：她在补写楼层守护报告，到处搜刮数据，并提起两人的约定——只要久住离开霓虹，鸠就会来找她；久住答应帮忙，“就这一次”。同日布兰达寄来感谢信，附上霓虹站寄存仓库的区位代码，帮正委托碎数研打捞摩托的两人。
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